B2B電子商務網站不僅僅是建立一個網上的買賣者群體，它也為企業的之間的戰略合作提供了基礎。任何一家企業，不論它具有多強的技術實力或多好的經營戰略，要想單獨實現B2B電子商務網站是完全不可能的。單打獨斗的時代已經過去，企業間建立合作聯盟逐漸成為發展趨勢。網絡使得信息通行無阻，企業之間可以通過網絡在市場、產品或經營等方面建立互補互惠的合作，形成水平或垂直形式的業務整合，以更大的規模、更強的實力、更經濟的運作真正達到全球運籌管理的模式。

B2B電子商務網站的交易模式分以下三類：

1、賣方控制型市場戰略。

是指由單一賣方建立，以期尋求眾多的買者，旨在建立或維持其在交易中的市場勢力的市場戰略。

2、買方控制型市場戰略。

是由一個或多個購買者建立，旨在把市場勢力和價值轉移到買方的市場戰略。買方控制型市場戰略除了由一個購買者直接建立的電子市場之外，還包括買方代理型和買方合作型兩種買方控制型市場戰略。

3、中介控制型市場戰略。

中介控制型市場戰略是由買賣雙方之外的第三者建立，以便匹配買賣雙方的需求與價格的市場戰略。